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Au X ème siècle, une abbaye bénédictine est construite à Eysses et consacrée aux saints Gervais et Protais.

Liée aux abbayes de Moissac et de Cluny, elle joue un rôle important. Incendiée en 1577 lors des guerres de religion, elle perd alors son influence.Au XVIII ème siècle, la congrégation de Saint Maur la reconstruit .

Réquisitionnée comme bien national à la Révolution, elle est utilisée depuis 1804 comme prison.

Le 2 juin 1895 elle devient " colonie correctionnelle" destinée aux mineurs délinquants et prends le nom  de maison d'éducation surveillée en 1927.Avec Gaillon, Eysses sera la deuxième colonie correctionnelle de tout l’arsenal pénitentiaire français

En février 1937 lors d'une conférence le Secours-Populaire de France, suite au décés de Roger Abel, dénonce:«le cas de certains jeunes, que les circonstances ont amenés dans les maisons de correction et qui subissent des tortures encore moyenâgeuses" ,

Le "scandale d’Eysses" remet en cause tout le système pénal appliqué aux mineurs que subissent environ 200 ennfants dans ce lieu.

En juin 1940, suite à la débâcle et à l’exode pénitentiaire, l’effectif atteint 7 à 800 détenus essentiellement des prisonniers de droit commun.

 Le 26 octobre 1943, René Bousquet (secrétaire général de la police) décide le transfert à la maison centrale d’Eysses, de toutes personnes condamnées par les sections spéciales de la zone sud et par le tribunal d’État de Lyon, pour menées communistes terroristes anarchistes ou subversives. La propagande Pétainiste la désigne comme une centrale modèle réputée bien gardée dans un environnement rural  tranquille . Au début 1944 l effectifs est d environs 1400 prisonniers. Parmi eux de nombreux internés administratifs jugés particulièrement dangereux, dénommés« irréductibles 1 et 2 »

Ce sont des hommes de toute origine sociale ou géographique, appartenant à la Résistance dans toute sa diversité: communistes (dont la proportion est nettement majoritaire), gaullistes des mouvements: Combat, Libération, Franc-Tireur, des réseaux: Buckmaster, Intelligence service etc…

Unis au sein d’un même collectif, les résistants emprisonnés à Eysses mettent au point une organisation à l’intérieur de la prison comprenant également une partie militaire. Certains gardiens les soutiennent. Par leurs actions et solidarité ils parviennent à obtenir des améliorations à leurs conditions d incarcération les corvées, les loisirs, la solidarité sont organisés par des responsables désignés.

elle reste aujourd’hui un centre de détention.